Wieś Łętowo wzmiankowana już w XIII w. była posiadłością klasztoru benedyktynów w Płocku. W 1251 r. biskup Andrzej przyznał dziesięcinę z Łętowa opactwu Św. Wojciecha w Płocku. Parafia powstała prawdopodobnie w drugiej połowie XIII w. Pierwsza wzmianka o kościele pochodzi z 1333 r. Kolejny drewniany kościół wzniósł w 1568 r. opat benedyktynów płockich Paweł Kalecki z Mąkolina. Świątynia ta została przebudowana w latach 1764-1774 staraniem proboszcza ks. Placyda Nagabczyńskiego, a poświęcona przez Izydora Szwarca, przeora klasztoru benedyktynów płockich. Uszkodzony przez uderzenie pioruna w 1798 r., był restaurowany kilkakrotnie w 1825 r. przez ks. Justyna Szeliskiego, a w 1848 r. przez Antoniego Bońkowskiego. W 1890 r. wzniesiono wieżę, która jest jednocześnie dzwonnicą.

W czasie okupacji niemieckiej, po aresztowaniu proboszcza ks. Jana Wilocha i wikariusza ks. Eugeniusza Kleniewskiego w 1941r., kościół by ł zamknięty. W latach 1947-1949 przeprowadzono kapitalny remont świątyni, przebudowując dawne prezbiterium. Znajdujący się w nim ołtarz główny z rzeźbami Św. Piotra i Pawła pochodzi z XIX w., dwa boczne ołtarze z XVIII w.




W czasie duszpasterzowania ks. Antoniego Szpieka, w 1990 r., kościół został odremontowany poprzez podniesienie konstrukcji i ustawienie na betonowym fundamencie. W 1997 r. kościół otrzymał polichromię.